El historiador Agustín Millares Torres, en su Historia General de las Islas Canarias, mencionó la relación con perros grandes presentes en estas islas [incompleto]. Según su investigación, estos perros formaban parte de los mitos, costumbres funerarias e incluso la gastronomía de los nativos (guanches) de las islas. Los demonios aparecían a estas personas como grandes perros lanudos, conocidos como "Tibicenas" en Gran Canaria e "Irnene" en la isla de La Palma. En los cultos funerarios, los perros aparecían momificados junto a sus dueños como guías hacia el más allá. También se consumían en pequeñas cantidades, como lo han demostrado hallazgos arqueológicos.

Tras la conquista, la presencia de estos perros de morfología molosoide en las islas quedó bien documentada, especialmente en los cedularios de los consejos de Fuerteventura y Tenerife. La primera referencia después de la conquista data de 1501, cuando se permitió a los puerqueros (criadores de cerdos) tener "uno de los grandes". En muchas épocas, estos perros se usaron para matar perros salvajes que atacaban al ganado. Su éxito se comprobaba al presentar las pieles de las cabezas. En otros periodos, se ordenó matar a muchos de estos perros debido al daño que causaban al ganado. En un momento, se permitió a los residentes matar perros sueltos y salvajes sin recibir castigo. En otras ocasiones, se ordenó que los perros fueran atados. Y en otras más, debido a los daños causados por estos perros, se prohibió su posesión a quienes no fueran agricultores o cazadores. Todo esto ocurrió entre los siglos XVI y XVIII.

Además de su papel tradicional como perros guardianes de ganado, los Perros de Presa Canario también fueron utilizados en peleas de perros. Hasta la década de 1950, esta práctica era común en todas las islas. Existen numerosos testimonios de antiguos aficionados. Los dueños acordaban si las peleas debían presenciarse en silencio o si podían incitar a los animales. Ningún espectador podía tocar o molestar a los perros durante el combate. El método más extendido consistía en colocar a los animales dentro de un círculo marcado en el suelo, cara a cara. La pelea comenzaba al quitarles los collares. Estas no eran eventos públicos organizados, sino que surgían espontáneamente por desafío entre los dueños. Sin embargo, prácticamente todo el vecindario participaba en el espectáculo una vez que se enteraban de la pelea.

Las peleas fueron prohibidas a mediados de la década de 1940, pero continuaron por otra década más. A partir de ese momento, debido al endurecimiento de las medidas de la autoridad franquista para erradicar las peleas de perros, el Perro de Presa Canario quedó en manos de pocos criadores que mantuvieron viva la raza y evitaron su total desaparición.